Die mittelalterliche Kirche wurde im XIII. oder XIV. Jahrhundert auf der Basilika erbaut, jedoch mit kleineren Dimensionen. In den ersten Jahrzehnten des XIV. Jahrhunderts, dh die Zeit ab 1282, sind Teile Mazedoniens unter byzantinischen Herrschaft und werden von serbischen mittelalterlichen Herrschern dominiert.
Im XIV Jahrhundert war Mazedonien ein der wichtigsten künstlerischen byzantinischen Zentren. Mit einem Schwerpunkt auf Thessaloniki spielte Mazedonien zweifellos eine bedeutende Rolle bei der Verbreitung byzantinischer Kunst in Bulgarien, Serbien und Russland. Es gibt Informationen darüber, dass die Kirche im XVI Jahrhundert wieder aufgebaut und mit Fresken bemalt wurde.