L’église médiévale a été construite sur la basilique au XIIIe ou XIVe siècle, mais avec des dimensions plus petites. À cette époque, certaines parties de la Macédoine se trouvent déjà sous domination byzantine et sous la domination des souverains serbes du Moyen Âge, dès 1282. Au cours du XIVe siècle, la Macédoine devient de plus en plus l’un des centres artistiques les plus importants dеl’Empire byzantin. Avec son centre à Thessalonique, la Macédoine était sans aucun doute un lieu de transfert majeur dans le processus de diffusion de l’art byzantin en Bulgarie, en Serbie et en Russie.Selondes archives, la reconstructionde l’église etdes travaux sur sa fresqueont eu lieu au XVIe siècle. À cette époque, à l’angle sud-est de l’ancien mur, une autre église,dédiée à St. Élie, a été construite.