Манастирскиот комплекс е основан во периодот пред паѓањето под турска власт, односно во првата половина на XIV век. Со тек на времето градот Чебрен полека почнал да исчезнува, така што останал само манастирот. Манастирот во почетокот на XVIII век имал училиште за свештеници кои вршеле служба по црквите низ областа Мариово и бил мошне активен се до првите децении на XX век.
Во своето повеќевековно постоење бил повеќе пати обновуван заради честите опожарувања, грабежи и разрушувања. Постои податок дека за време на Првата светска војна биле срушени и доста оштетени дел од објектите на манастирот.
Манастирскиот комплекс бил заштитен со ограден ѕид од камен кој и денес постои, но е делумно срушен.